理学院渊源可追溯到建校初期成立的数学、物理、化学教学组。1980年5月，学校由杭州无线电工业学校改建为杭州电子工业学院后，设置基础课部，下设数学、物理、化学、外语和体育教研室。1996年1月，在基础课部和社会科学部的基础上成立文理学院，下设数理教学部、外语教学部、社会科学部和体育教学部。2002年7月，为适应高等教育快速发展的需要，学校决定在文理学院4个教学部的基础上分别组建成立理学院、外国语学院、人文学院和体育教学部，至此，理学院进入快速发展时期。   

   1.1980年5月——1995年12月:基础课部 这一时期主要承担全校的数学、物理、物理实验、化学、外语、大学语文、体育等课程的教学任务。

   2.1996年1月——2002年6月:文理学院 由于社会科学部和基础课部合并，所以文理学院除承担原基础课部的所有基础课教学任务外，还承担了全校的两课教学任务，如毛泽东思想概论、邓小平理论、哲学、政治经济学、法律基础、思想道德修养等课程。 

   1999年9月，文理学院开始设置信息与计算科学专业，并于当年招收本科生； 

   2000年9月，设置英语专业，并招收本科生； 

   2001年9月，设置应用物理专业，并招收本科生； 

   2000年，应用数学专业硕士点申报获得成功，并于2002年开始招收硕士研究生。 

   3.2002年7月至今:理学院 

   理学院以数学、物理两大学科为基础，依托学校电子信息优势，重基础、强特色，坚持走理工交叉融合的学科发展道路。